Opacidad Random

[kinter0s]

Agregando a la respuesta de dualkip, para darle el efecto aleatorio, al comienzo de la animacion genera valores aleatorios con Math.random() y guardalos en un array con tanto elementos como circulos tengas.
Luego define la funcion usando estos valores, lo puedes multiplicar por algun numero, como 5 o 10, para que algunos vayan mas rapido que otros.