Hola
Si pones a imprimir esto
Código PHP:
echo $queEmp1 = "SELECT clave , grupo, carrera ,semestre , nombre, apellido_p, apellido_m ,SUM(clave) as cla FROM alumno where clave=".$_SESSION["VARIABLE"] ;
te muestra el query correctamente?
si te lo muestra, copialo y pegalo en phpmyadmin o en otro programa que estes usando para acceder a mysql directamente, ejecutalo para ver si te trae el registro
y si es así, entonces el inconveniente es más adelante,
tal vez en la generación del pdf como dices
prueba y comentas
saludos