No quisiera cambiar la cabecera de los CGI

[jferrero]

Si los programas se van a ejecutar en un sistema Windows, la línea shebang no tiene efecto.

El problema es otro: revisa lo que contiene el programa que está definido en el sistema como el que debe tomar el control cuando el usuario lanza un .pl. Lo normal es que sea un ejecutable .bat. Allí es donde puedes cambiar la ruta para que apunte al intérprete correcto.

De todas maneras, con una línea como esta:

perl -p -i -e "s{#!perl/bin/perl(.*)}{#!C:/xampp/perl/bin/perl.exe $1}" *.pl

se corrigen todas las cabeceras, de todos los programas, en un segundo.
(haz alguna prueba, antes de intentarlo con todo el directorio)