Cómo hacer seguro un sitio web?

[reborn]

Veo q es mucha informacion de golpe, no es nada facil pero tampoco imposible, tendria q ponerlo en practica.
Hay muchos tutoriales pero avanzados, si yo quisiera empezar por algo sencillo y practico, por cual de todo eso deberia epezar?
Por ejemplo, vi sobre la vulnerabilidad de los sistemas de comentarios, donde no es aconsejable q los comentarios se agreguen con estilo de texto, es decir, negrita, colores y todo eso.
Tambien sobre mysql_real_escape_string, addslashes y evitar otros caracteres con cierto codigo php.
Entonces se me mezcla todo y ahora reformulo la pregunta:
Por donde deberia empezar para proteger el sitio?
Tengo un sitio con registro de usuarios, en donde se agregan noticias y se dejan comentarios... por donde deberia empezar a proteger y de q forma?, es decir, la proteccion vigente al dia de hoy, porq vi muchos tutoriales pero q datan del año 2004, 2005...
Gracias.