Leer desde un fichero escrito en hexadecimal

[gvite666]

pues mira para leer en hexadecimal, yo utilizo el fprintf, yo creo que tu problema es al momento de poner tu mascara, en vez de poner %i, pones un %x y con esto ya lees tu numero en hexadecimal, lo que hace esto es: lee un numero en hexadecimal, pero teniendo en cuenta que es un entero, entonces el compilador al momento de tomarlo va a suponer que es un entero y lo va a manejar como un numero decimal.

Ejemplo:
declaras una variable de tipo:
int num;
abres tu archivo y lees con esto
fscanf(fArchivo,"%x",&num);
en este caso si tu archivo tiene una "a" lo que almacenara en num no sera una "a" sino un 10 que es el valor en decimal.
solo seria cuestion de ver q pasa con las particiones, ya sea que hagas una serie de operaciones para esto (q es un poco complicado) o que mejor lo leas como una cadena, partir la cadena y luego convertir cada "trocito".