Muchas Gracias por tu aporte, pero ten en cuenta que las preguntas aqui son desde el punto de vista del programador y no del usuario. Por lo tanto debo desarrollar evitando esas ventanas y que la aplicacion sea totalmente transparente para el usuario. Ademas si esto se ejecutaria en un servidor, el mismo quedaria esperando, sin que el cliente sepa que sucede.
La documentacion en msdn es algo confusa, incluso algunas tecnicas alli desarrolladas no funcionan, pero encontre esta alternativa:
Teniendo en cuenta que xlApp es la aplicacion excel. Espero que a alguien mas le sirva!
Saludos!