Pues Quimfv muchísimas gracias :P me as solucionado el problema y además lo e entendido ^^ al final la cadena era así:
Código PHP:
print "<td class=td3><a href='#' onDblClick=confirmation(".$reg2['cod_archivo'].")><img src='borrar.png'></a></td></tr>";
Lo dicho, gracias!!