tienes que imprimir desde php codigo dinamico para javascript. es decir, dentro de tus elementos SCRIPT, escribes codigo php. en php imprimes el contenido de ese vector en un formato que javascript lo pueda analizar. un ejemplo sencillo puede ser convertir ese array en formato json e imprimirlo.
Código PHP:
<script>
var array = <?php echo json_encode($variable) ?>
</script>