Lo ideal es usar una base de datos por aplicación, si se ve comprometida una la otra tendrá independencia. También por un tema organizativo y de trabajo siempre es mejor manejar múltiples bases de datos, pero ya veo que tendrás que morir usando sólo una.
Cita: pero realmente me parece una locura restringir bases de datos de MySQL en los planes de hosting
A mi también, pero ante el gigante overselling que hacen, es normal que limiten las bases de datos, sino los servidores se les caerían a pedazos de tanto consumo de CPU y RAM.
Saludos,