GNUPLot con C++

[Ligator]

¡Que lata es poder hacer un comentario en este foro!, deberían reestructurar la forma en que te registras.

Pero bueno, con respecto al tema:
http://pegasus.udea.edu.co/~jzuluaga/Documentos/Documento_19.doc

Es un archivo *.doc en el que te explican detalladamente como hacer lo que quieres, Todo se reduce a invocar el programa gnuplot desde la terminal (es igual en Linux y en Windows).
En C solo tienes que escribir:
system("gnuplot archivo");

Esto ejecuta el programa con el archivo que le pongas pero desde tu código en C.

Suerte.