Duplicado de página código 200

[angelmejor]

Hola amigos.
Tengo un problema de duplicado de web, en herramientas seo de Whois me arroja doble duplicado, es decir: Tengo en el mismo sitio mi index.php del administrador y tengo un index,html para la web de presentación de inicio, por lo que me dice lo siguiente:
Problemas encontrados :

6 páginas respondieron con código 200. Esto presenta un problema de duplicidad para los buscadores.

Lo correcto sería que http://www.midominio.es o http://midomino.es devolviera un código 200, pero no ambos.

Me aconseja un código:

RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.midominio\.es
RewriteRule (.*) http://www.midominio.es/$1 [R=301,L]

Pero no tengo ni la menor idea de donde colocarlo, hice pruebas de todos los colores y nada, también en el htaccess, pero nada.

Agradecería de todo corazón, que alguien me pueda ayudar de forma clara para mis conocimientos, que no son muchos.

Muchas gracias de antemano.
Saludos.