una opcion puede ser:
en tu href enviarle el id de los datos a imprimir o solo la clave primaria y en el fpdf hacer la consulta de ese id y mostrar los resultados
Código:
href="imprimir.php?id=$id"
y recibirlo como get
a partir de ahi haces la consulta, espero haberte ayudado, saludos
x cierto...te funciona el paginador??????