Yo lo que veo es que ya está inicializado en document.ready. Para que volver a hacerlo? Para captar elementos nuevos?
   Cita:  $.superbox.settings = {
	boxId: "superbox", // Id attribute of the "superbox" element
	boxClasses: "", // Class of the "superbox" element
	overlayOpacity: .8, // Background opaqueness
	boxWidth: "600", // Default width of the box
	boxHeight: "400", // Default height of the box
	loadTxt: "Loading...", // Loading text
	closeTxt: "Close", // "Close" button text
	prevTxt: "Previous", // "Previous" button text
	nextTxt: "  Next" // "Next" button text
};
	$.superbox();
 
});
    Por otro lado: esto no tiene que ir definido? boxClasses: "", 
Tenes un link a la pagina de superbox?