no consigo abrir un archivo java.io.FileNotFoundException

[GreenEyed]

Las rutas relativas se construyen partiendo del directorio desde donde se ejecuto la aplicación, y como bien dice pepe ese viene indicado por la propiedad de sistema user.dir.

Ojo que esa no tiene por que ser la ruta donde esta instalada tu aplicación, ya que pueden ejecutar la aplicación desde otro directorio.

Averiguar donde esta alojada una aplicación desde la propia aplicación es posible, aunque complejillo.

S!

PD: De todas formas, por lo que pones si lo que quieres es cargar un fichero de propiedades incluidas con tu aplicacion, una buena solucion es cargarlo como un recurso con getResourceAsStream().