Uno de los "standares" es PEAR:
http://pear.php.net
justamente PHPdoc genera documentación al estilo PEAR .. PHPdocumentar genera para PEAR y otros formatos creo .. Pero todas estas herramientas se basan en que estas programando en OOP y la OOP de por sí ya tiene sus reglas y standares para nombrar tus objetos, tus métodos y demas historias ..
Un saludo,