Pruebalo asi a ver:
Un dato: la funccion es confirm, no confirmar
Otro dato: dentro del codigo abriste php; no hacia falta ya estabas dentro de php (quite esas etiquetas)
<?php
echo '<table width="899" border="0" align="center" cellpadding="0" cellspacing="0">';
echo '<tr>
<td width="108" height="21" bgcolor="#CCCCCC">Codigo</td>
<td width="131" bgcolor="#CCCCCC">Codigo Inscripcion</td>
<td width="452" bgcolor="#CCCCCC" align="center">Nombre</td>
<td width="103" bgcolor="#CCCCCC">Acciones</td>
<td width="105" bgcolor="#CCCCCC">Estado</td>
</tr>';
while ($fila = @mysql_fetch_array($result3)){
echo '<tr>';
echo '<td>'.$fila['Cod_Est'].'</td>';
echo '<td>'.$fila['Cod_Inscrip_Est'].'</td>';
echo '<td align ="center">'.$fila['Nombre1'].' '.$fila['Nombre2'].' '.$fila['Apellido1'].' '.$fila['Apellido2'].'</td>';
echo '<td><a
href="estudiante/delestudiante.php?cod='.$fila["Cod_Inscrip_Est"].'"
onclick="return confirm(\'¿Está seguro que desea eliminar el registro?\')"
>
[Eliminar]
</a></td>';
echo '</tr>';
}
echo '</table>';
?>