Ya lo solucione, dejo la solucion alomejor a alguien le sirve algun dia.
Código PHP:
function orden($c,$d){
global $ruta;
$numero1 = ereg_replace("[^0-9]", "", $c);
$numero2 = ereg_replace("[^0-9]", "", $d);
if($numero1 < 10){
$prefix = "0";
$numero1="0".$numero1;
}
if($numero2 < 10){
$prefix = "0";
$numero2="0".$numero2;
}
return strcmp(strtolower($numero1), strtolower($numero2));
}