Para ejecutar un proyecto web lo mejor es un pelotón de fusilamiento, sin duda
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Coñas aparte, el problema que tienes es que las aplicaciones web están estandarizadas en su forma final, para ejecución, pero a la hora de tener tu proyecto en desarrollo, no existe un estandar único.
Así que existen multitud de formas de tener el proyecto para desarrollar, compilar etc. y esa es la forma del proyecto que te han dado. Dependiendo del IDE/sistema de desarrollo con el que hayan montado ese proyecto, lo tendras de una forma u otra.
Y para trabajar sobre un proyecto montado con una herramienta diferente, hay que mover las cosas de sitio o saber adaptarse a diferentes estructuras. Un poco "heavy" para empezar.
S!