¿Y quién te dice que Nautilus/Dolphin/Thunar/otros no pueden guardar las contraseñas?
Yo me conecto vía ftp y sftp a todos mis servidores usando Dolphin, y edito archivos directamente. De hecho, cualquier aplicación KDE puede abrir direcciones del tipo
ftp://usuario@host/archivo y trabajar con ellas como si fuesen archivos locales.