Lo primero si el dominio .es y el .com tienen el mismo contenido deberías redireccionar uno hacia el otro. Si el .com es más antiguo quédate con él. Para empezar te recomiendo que leas algún tutorial de SEO y la
wiki del foro, luego podrás hacer preguntas más concretas.
Tutoriales SEO te recomiendo 2 (para empezar):
Guía de referencia SEO Tutorial SEO
Mejor lo ponemos en un nuevo tema.
