Number_format da error

[Triby]

number_format($numero, $decimales, $separador_decimales, $separador_miles);

En tu código estas pidiendo que el formato sea con comas como separador de decimales:
$m3aux=number_format($aux,2,',','.');

Edito: Creo que no habia entendido bien tu problema... pero aqui vamos:

Lo primero que haces es aplicar number_format para crear $m3aux, despues analizas la longitud de la CADENA obtenida y, dentro de los IF vuelves a aplicar number_format, cuando lo unico que deberias hacer es:
$pdf->MultiCell(11,6,$m3aux,'TB','R',true);