Te refieres a que tu tienes un archivo especial y quieres que solo te deje subir solo ese archivo; o que los usuarios tendran un archivo x llamado x que cada tanto subiran, con las modificaciones que les hayan hecho (por decir algo)...???
Asi se podria filtrar:
Código PHP:
if($_FILE['archivo']['name'] != "archivoAdmitido.php"){
echo "El archivo no es correcto...";
}else{
//se sube
}
Y si deseas subir archivos del cliente si o si debes usar un form.