con
exec en
PHP puedes.
Turka tiene algo de razón, pero al menos los *.exe que se implementan en tecnología .NET si pueden ser ejecutados, pero si el GNU/Linux tiene el runtime .net implementado (MONO.NET u otro si existe) puedes ejecutar esos exe
NOTA: javascript no tiene acceso para ejecutar aplicaciones, el código que tienes es muy viejo y no funcionara en navegadores nuevos, menos en IE con el
windows script host inactivo