Hola sebaxsilvia. Lo primero no te lo recomiendo, ya que copiar toda tu web a otros directorios cada vez que un usuario se registre... Puedes copiar 3 o 4 páginas "de control" para el usuario digamos (y personalizadas), y luego que se maneje por el resto de la web, como en cualquier otra. Eso sería en el caso de que realmente creases una carpeta para cada usuario. Lo más recomendable, si es que quieres que cada usuario tenga su url de ese tipo, sería usar urls amigables, que es lo que se suele hacer, y así no tienes la necesidad de copiar archivos, y tener que duplicar contenido en tu server.
Lo de los puntos es muy sencillo, durante todo el proceso de registro, guardas en una sessión o directamente desde el get o el post el id del usuario referente, y una vez registrado añades esos puntos al usuario.
El script de pagos y tal te lo da directamente paypal, para ello lo unico que tienes que hacer es ajustar tu proceso al de paypal, pero ellos te ayudan a integrarlo y tal, asi que no tendrás problemas.
Saludos
