cuando haces esto:
    
Haces que PHP coloque índices numéricos automáticos y consecutivos, si quieres que contenga un índice personalizado lo que debes hacer es asignarlo:    
donde 
$indice lo calculas de acuerdo a tus necesidades. Por ejemplo en lugar de índice podría ser 
$a, el contador de tu primer ciclo, aunque sería igual que dejarlo en blanco, ya que asignaría índices numéricos consecutivos (más ya no serían `
automáticos`).  
Añado, la estructura del programa que hice sería:  
 Cita:  $tabla = array(
0=>array(0=>tuelemento0,1=>tuelemento1,...,N=>tuel  ementoN),
1=>array(0=>tuelemento0,1=>tuelemento1,...,N=>tuel  ementoN),
2=>array(0=>tuelemento0,1=>tuelemento1,...,N=>tuel  ementoN),
...,
N=>array(Narray)
)