Permisos en carpetas y archivos

[futbolregional]

Buenas de nuevo, despues de haber indagado mucho por ahi, a ver si conseguia la manera de solucionar el problema no me queda mas remedio que pedirr ayuda...... porque ya no se como solucionar esto...
Un usuario se registra y atraves de este registro se cre una carpeta, con varias subcarpetas y varios archivos, las carpetas se me crean con los permisos que necesito 0777, y las subcarpetas tambien, pero los archivos que se me crean dentro de la carpeta principal se me crean 0644, entonces cuando quiero sobreescribirlos desde el ftp no me deja.
Os dejo el codigo para ver que deberia cambiar para solucionar esto:

Concretamente los archivos que no me da los permisos que yo quiero son $file

Código PHP:

mkdir("../".$equipo); 
chmod("../".$equipo."/",0777);
        $origen = "../prueba/";
        $destino = "../".$equipo."/";
        if ($vcarga = opendir($origen)){
            while($file = readdir($vcarga)){
                if ($file != "." && $file != ".."){
                    copy($origen . $file, $destino . $file);
                } 
            } 
            closedir($vcarga);
            }
mkdir("../$equipo/img/");
chmod("../".$equipo."/img/",0777);
        $origen1 = "../prueba/img/";
        $destino1 = "../".$equipo."/img/";
        if ($vcarga1 = opendir($origen1)){ 
            while($file1 = readdir($vcarga1)){
                if ($file1 != "." && $file1 != ".."){
                    copy($origen1 . $file1, $destino1 . $file1);
                } 
            } 
            closedir($vcarga1); 
        }
mkdir("../$equipo/img/fondos");
chmod("../".$equipo."/img/fondos/",0777);
        $origen2 = "../prueba/img/fondos/";
        $destino2 = "../".$equipo."/img/fondos/";
        if ($vcarga2 = opendir($origen2)){
            while($file2 = readdir($vcarga2)){              
                if ($file2 != "." && $file2 != ".."){
                    copy($origen2 . $file2, $destino2 . $file2);
                } 
            } 
            closedir($vcarga2); 
        }
mkdir("../$equipo/fuentes");
chmod("../".$equipo."/fuentes/",0777);
        $origen3 = "../prueba/fuentes/";
        $destino3 = "../".$equipo."/fuentes/";
        if ($vcarga3 = opendir($origen3)){ 
            while($file3 = readdir($vcarga3)){
                if ($file3 != "." && $file3 != ".."){ 
                    if(copy($origen3 . $file3, $destino3 . $file3)){ 
                        header('location:registrado.php?registro=fin&equipo='.$equipo);
                    }
                } 
            } 
            closedir($vcarga3); 
        }
 

gracias de antemano