Haciendo mas pruebas he podido deducir que el problema no es de la propiedad z-index, sino de "position:relative".
Aun asi, sigo sin entender porque... y necesito esa propiedad pues tengo que ocultar el cuadro rojo debajo del negro.
Incluso cambiando propiedades CSS en el cuadro rojo:
Código HTML:
position:relative; right:25px;
por
Código HTML:
position:absolute; left:25px;
sigue el div rojo sin responder al evento click.