Una forma de hacerlo, es entrar a la siguiente ruta:
C:\Documents and Settings\%usuario%\Datos de programa\Microsoft\MSN Messenger\
Ahí copias la carpeta CustomEmoticons y la vuelves a pegar cuando realices el formateo.
Por otro lado, hay programas en internet que hacen esto de forma automática. Puedes buscar en google "Messenger emoticons backup"
Suerte
