Puedes probar añadiendo una entrada nueva en el boot.ini del disco B aunque si así consigue iniciar el sistema del disco A pueden surgir problemas si a este le asigna una letra de unidad diferente a la que tenía en origen.
Cita: [boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)WINDOWS="Micros oft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(1)partition(1)WINDOWS="Disco A - Microsoft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect
Si de repente dejó de funcionar el inicio del disco A se debería comprobar o reparar (quizá baste con un CHKDSK o, iniciando el equipo desde el CD de windows y desde la consola de recuperación usar los comandos fixboot y fixmbr sobre el disco A, para mayor seguridad desconecta antes el disco B).