Una forma de lograrlo es usando los archivos de PHP e indicar un header que lo que vas a publicar sea javascript y las consultas a la base de datos lo haces en la estructura de PHP. Es decir algo así:
Código PHP:
Ver original<?php
header('Content-type: text/javascript;'); // aquí haces las consultas a la base de datos
// y las almacenas en variables para luego mostrarla en el javascript
?>
//Código de javascript
Solo sería necesario que en vez de indicar en la página que muestras la información y llamas el .js lo llames con .php