Hola, creo que estas en un error conceptual, cuando hablas del controlador te estas refieriendo al componente del patron arquitectonico MVC controlador, para nada es un archivo javascript ni nada por el estilo, en el caso de PHP perfectamente las vistas pueden ser archivos PHP, lo que sucede que lo que le presentas al usuario es codigo HTML, estas vistas son las encargadas de enviar peticiones a los controladores, estos ultimos se comunican con los modelos que son los encargados de hacer la parte "sucia" de este proceso mediante la manipulacion de la logica de tu negocio y tambien los datos de tu base de datos, el controlador se comunica finalmente con la vista para devolver resultados. Suerte y googlea que encontraras bastante
!!