duda Modelo-Vista-Controlar

[blesther]

Es que no estás implemnetando ningún patrón. Tú misma lo vas a responder:

Tus archivos javascript procesan las peticiones de los usuarios?
Tus archivos javascript modifican el estado de las clases de tu modelo?
Tus archivos javascript devuelven resultados a las vistas para mostrar resultados de los modelos?

Seguramente responderás que no en todos los casos. Piensa y medita en este sentido.