base64 solo
codifica,
no encripta,
son 2 términos diferentes.
realmente no he verificado si javscript tenga funciones equivalentes a base64 para codificación, pero si las tuviera pudieras codificar todos los datos
excepto los archivos, ¿por que?; por el simple echo de que
javascript no tiene acceso al IO por lo tanto no podrás leer el archivo del input file, sorry
si realmente quieres proteger el envío del formulario, deberás implementar en tu servidor
SSL u otra tecnología similar, para que el mismo navegador se encargue de
encriptar el envío de la petición al servidor, en ese caso si existe una encriptación real, con algoritmos asincrónicos, el uso de SSL es gratis con openSSL para apache, pero si quieres un certificado autenticado, tendrás que adquirirlo por separado.