Yo siempre digo lo mismo, si el modificar el diseño te van a facilitar las cosas, es para mejorar (cambiar de HTML a XHTML Strict), cambiar tablas por divs, para meter mejoras de accesibilidad, limpiar el código fuente, dejarla sin errores de código, etc, yo de ti daría el salto y cambiaría el diseño.
Hará como un año cambié de forma radical el mío y ni me dio buenos resultados ni malos, sigo estando donde estaba, así que te animo a hacerlo si es en positivo, ya que nadie te dirá a ciencia exacta si mejorará o empeorará.
Pd: Google es impredecible en estos aspectos.
