problemas con el limite de memoria

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Hola tengo una aplicacion de seguimiento GPS que muestra los datos por una web. El problema es que un usario podria hacer una consulta que contuviese mas de 10.000 lineas o mas de 50.000 para exportarlas a un excel y luego tratar los datos con otra aplicacion. Cuando se trata de sacar estas consultas mi script php basado en CodeIgniter me da un error de que se excedio el limite de memoria (128M), he probado a ponerle 256M pero parece ser que el limite esta en 128M alguien me dice como o bien aumentar la memoria por encima de 128M o bien como cortar el script y mostar un texto informativo tal como: "La consulta es demasiado extensa, porfavor acote la búsqueda".

Una solucion es mediante pruebas ver las maximas filas que soporta el script hacer un count y si supera esa cifra no hacer la select, pero preferiria algo más correcto.

Gracias.