al cargar la pagina podrías iniciar el cronometro en javascript tomando la hora del servidor y la hora de finalizacion de la subasta. y usar esas 2 para sacar el tiempo restante.
algo asi:
Código HTML:
<script type="text/javascript">
var hora_actual="<?php echo date("H:i:s"); ?>";
var hora_final="<?php echo $hora_final; //me imagino q este valor lo tienes en una base de datos ?>";
</script>