Primero que todo tienes que tener claro que es lo que se ejecuta del lado del servidor y que desde el cliente (navegador).
cuando haces clic es un evento que es del lado del cliente, por otro lado tu php no sera mostrado como tal en el navegador, sino que sera mostrado como html.
utilicemos el mismo ejemplo que tienes.
por ejemplo tienes tu maqueta html q seria algo asi junto con los php
Código HTML:
<html>
<head>
<title>titulo de tu pagina</title>
</head>
<body>
<div id="cabecera">
<div id="logo"><? include ("logo.php")?></div>
</div>
<div id="menu">
<? include("menu.php")?>
</div>
<div id="contenido">
<? include("contenido.php")?>
</div>
<div id="pie">
<? include("pie.php")?>
</div>
</body>
</html> y ahora cada uno de los archivos php
logo.php
Código HTML:
<img src="logo.jpg" alt="mi logo" />
menu.php
Código HTML:
<a href="index.php">Inicio</a> - <a href="servicios.php">Servicios</a> - <a href="contacto.php">Contacto</a>
contenido.php
Código HTML:
Aqui va tu contenido
pie.php
Código HTML:
Aqui va tu pie de pagina
y dentro de cada php puedes hacer lo q se te antoje, por ejemplo sacar los datos de una base de datos, sacarlos de un rss, xml, etc etc.
pero ahora viene lo que te aclarara tu pregunta.
el resultado de esa pagina al ejecutarla en el browser
Código HTML:
<html>
<head>
<title>titulo de tu pagina</title>
</head>
<body>
<div id="cabecera">
<div id="logo"><img src="logo.jpg" alt="mi logo" /></div>
</div>
<div id="menu">
<a href="index.php">Inicio</a> - <a href="servicios.php">Servicios</a> - <a href="contacto.php">Contacto</a>
</div>
<div id="contenido">
Aqui va tu contenido
</div>
<div id="pie">
Aqui va tu pie de pagina
</div>
</body>
</html> es decir en el fondo lo que se ve es puro html, el servidor procesa tu programacion y te entrega un html, osea el tratamiento de los link es tal cual.
Este metodo se utiliza para utilizar plantillas de las funciones mas comunes, como por ejemplo el menu, asi cuando modifiques algo del menu, solo modificas tu archivo q contiene el menu y no toda tu web.
Espero te haya quedado claro.
saludos.