Debes ajustar tú mismo el tamaño y posición de la capa superpuesta, no utilices los mismos del ejemplo, adáptalos a tus necesidades. En el ejemplo yo lo he ubicado a x distancia respecto a la parte izquierda y superior del navegador, según cual sea tu caso puedes optar por ubicarlo respecto a la capa que contiene el vídeo. (Usando las propiedades position, left, top, float, etc.)
Código CSS:
Ver original.overlap{z-index:1000;height:250px; width:300px; background-color:red; position:absolute; left:100px; top:75px; overflow:hidden;}
¿Lo has probado únicamente en Internet Explorer o en otros navegadores (¡etiquetas object y embed!)?