con php lo podes hacer y hay una manera muy facil:
supongamos que tenemos la variable:
$imagen = $_FILES['imagen'];
la cual se refiere al formulario por la cual la suben
entonces hacemos asi:
lo que estamos haciendo es concatenarle al nombre de la imagen que sube el tiempo en que la subio desde el 1 de enero de 1970, por lo tanto la posibilidad de que la imagen se reemplaze por tener el mismo nombre es practicamente nula :)