Bienvenido al foro ZeTTo_PraTTi
Lo que tienes que hacer es quitar el enter cuando haces un readline.
Aquí un ejemplo trabajando
Código Python:
Ver originalf = open("texto.txt", "r")
line1 = f.readline()
if line1.endswith("\n"):
line1 = line1[:-1]
line2 = raw_input()
if line1 == line2:
print "%s %s son iguales" % (line1, line2)
else:
print "%s %s son diferentes" % (line1, line2)
Nota: Cuando postes un problema usa un titulo descriptivo y trata de ser mas claro en la descripción del problema.