Esta consulta tuya ya deberia funcionarte:
Código PHP:
//donde le das valor a la variable $_SESSION['matricula'] En "login.pphp"
//si es asi estaria bien bien
$matricula = $_SESSION['matricula'];
//luego podrias agregar unas comillas simples a la consulta:
//(y dobles para mas claridad)
$consulta = "SELECT * FROM calificaciones where matricula='".$matricula."';";
//tambien puedes hacer un var_dump(); a $row
while($row = mysql_fetch_array($result)){
echo "<pre>";
var_dump($row);
echo "</pre>";
}