Para volver a ver los archivos o carpetas puedes usar el comando
attrib -S -H -R /S /D desde la línea de comandos (Inicio > Ejecutar... > cmd).
Aplicar el comando
Attrib una vez ubicado en la línea de comandos en la raíz del pen drive ( por ejemplo con el comando "cd K:\" si K:\ corresponde a tu pen drive.)
El log de HijackThis parece estar limpio.
Sólo veo dos pequeñas cosas aunque de momento no las elimines, una es KernelFaultCheck (es seguro eliminarlo) que puede salir si el equipo se ha parado mal (colgado, reinicio automático...).
Después está la entrada "ProxyOverride = *.local" que a veces es usada por algunos virus. Si tienes problemas para conectarte a Internet o si estás seguro de que no utilizas un servidor proxy entonces podrías eliminarla, pero no creo que sea necesario.
Cita:
Iniciado por joeljoelius 
R1 - HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Int ernet Settings,ProxyOverride = *.local
O4 - HKLM\..\Run: [KernelFaultCheck] %systemroot%\system32\dumprep 0 -k
¿Cuando has realizado un análisis completo del equipo con Malwarebytes, SuperAntiSpyware, AVG... han encontrado algo? (si es que has utilizado estos programas)