En general .. el php.ini que manda es el que diga en el informe de variables que dá
Código PHP:
<?
phpinfo();
?>
Lo dice en el primer bloque ... ahí dará la ubicación exacta del PHP.ini que está usando.
Cada cambio que hagas en tu php.ini debes de reiniciar tu servidor HTTP (el que uses .. Apache, IIS .. aunque como CGI el php.ini se carga en cada petición .. es recomentable q lo reinicies)
Un saludo,