yo hic algo parecido a esto tenia una tabla auxiliar para las notas con la identificacion del estudiante y al igual que tu tenia que crear las notas dinamicamente por el numero de estudiantes de cada seccion yo lo trabaje las notas como un arreglo y no hacia un insert into sino que hacia un update, ya que en la tabla que tenia tenia las materias por un codigo la identificacion del estudiamte y la seccion entonces hacia algo asi
Código PHP:
for($i=0;$i<$cantidad;$i++)
{
mysql_query("update notas set nota='$nota[$i]',porcentaje='$porcentaje',notaporcentaje='$notaprocentaje[$i]' where materia='$materia' and seccion='$seccion' and id_estudiante='$id_estudiante[$i]'") or die ("error notas");
}
no se si es lo que buscas pero yo lo hice asi