Prueba este codigo solo para ver su funcionamiento:
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Código PHP:
$rows=mysql_query("SELECT * FROM calificaciones ORDER BY estudiante ASC");
?>
<form action="" method="post" name="form1" id="form1">
<?php
while($row=mysql_fetch_array($rows)){
//si el nombre del estudiante no tiene un punto funcionara
//con esto unes el nombre del estudiante para usarlo como variable
echo $name=str_replace(" ","_",$row['estudiante']);
?>
<input type="text" name="<?=$name?>" id="c1" value="" maxlength="3" size="3" /><br />
<?php
if($_POST[$name] != ""){
//aqui mostramos el nombre del estudiante al que le daremos la calificacion
//cuya id seria $row['id']
echo "<li>Calificacion para: ". $row['estudiante']." id: ".$row['id']."<br />";
}
}
?>
<input type="submit" value="Grabar" />
</form>
Verifica si tu campo id se llama id => $row['id'],
si no cambiale el nombre a $row['id']