Jooma es un CMS, es decir un sistema de admisración de contenidos, es un software en php y mysql para crear paginas web con tendencia a la admistracion de contenidos. El software esta creado con archivos que funcionan desde el servidor y se suben a través de un ftp, pero eso no significa que subas tus páginas asi, las creas directamente en la base de datos del software usando un editor de contenidos que el software (joomla) tiene para ese fin. Si quiere editar el diseño de la página editas plantillas (templates) y esos si los subes al servidor por ftp.
http://www.joomlaspanish.org/ http://es.wikipedia.org/wiki/Joomla!
estos dos vínculos tienen información que te puede servir, algo evidentes pero efectivos