bueno ya pude hacer una consulta pero con mysql_fetch_array
 
pero con un while aun no he podido lograrlo  
 Código PHP:
    <? 
require('fpdf/fpdf.php');
include("cone.php");
$link = conectarse();
 
/////////////////////////////////////
///////  esto fue agregado   ////////
 
//for($i=0; $i<10; $i++){
//$num += $i;
//$prueba = "Almacenado: ".$num;
//}
 
//aqui podria ir tu consulta a base de datos
 $resultado= mysql_query("SELECT * FROM docente",$link);
 
$array=mysql_fetch_array($resultado); 
$prueba1 = $array['nombre'];
//while($resultados = mysql_fetch_array($resultado)) {
//$prueba1 = $resultados['cod_mat'];
//}
 
//pero si la misma da error el pdf no se generara.
 
///////  esto fue agregado   ////////
/////////////////////////////////////
 
$pdf=new FPDF();
$pdf->AddPage();
$pdf->SetFont('Arial','B',16);
//AQUI AGREGAMOS $prueba, que se mostrara en la salida
$pdf->Cell(40,10,$prueba1);
$pdf->Output();  
?>