Claro porque con el loop while te queda siempre el ultimo resultado.
Prueba asi:
Código PHP:
require('fpdf/fpdf.php');
include("cone.php");
$link = conectarse();
$resultado= mysql_query("SELECT * FROM docente",$link);
$pdf=new FPDF();
$pdf->AddPage();
$pdf->SetFont('Arial','B',16);
//EJEMPLO DE SALIDA
//for($i=0; $i<10; $i++){
//$pdf->Cell(0,10,"LINEA: ".$i,0,1);
//}
//AQUI ESTARIA TU LOOP
while($resultados = mysql_fetch_array($resultado)) {
$pdf->Cell(0,10,$resultados['cod_mat'],0,1);
}
$pdf->Output();
Obviamente solo lo probe con loop "//EJEMPLO DE SALIDA" pero si tu consulta a db esta bien funcionara tambien.
Deberias leer el tutorial de fpdf para saberte los parametros que se le han de pasar a los metodos. Por mi parte, debo hacer lo mismo
