Hola.
La solución está en el web.Config
Sólo deben de poner:
<pages>
<controls>
<add tagPrefix="asp" namespace="System.Web.UI"
assembly="System.Web.Extensions, Version=1.0.61025.0, Culture=neutral,
PublicKeyToken=31bf3856ad364e35"/>
<add namespace="AjaxControlToolkit" assembly="AjaxControlToolkit"
tagPrefix="ajaxToolkit"/>
</controls>
</pages>
dentro del nodo system.web
Saludos!!!