bueno yo hice unaprueba para salir de dudas y me dio resultado y me dio bien te mando la prueba que hic solo quite la variable de la funcion mysql_insert_id() y me dio bien fijate
Código PHP:
$qery=mysql_query("insert into prueba (prueba) values ('prueba')");
$id=mysql_insert_id();
echo $id;
asi me dio bien ve si lo quits y te sirve